En los extremos del crucero están colocadas las partes principales del retablo renacentista que formó el altar mayor, obra de Cornelius de Holanda de 1534, y que fue sustituido y trasladado a consecuencia del terremoto de Lisboa de 1755.

Sobre la puerta de la sacristía hay un escudo en el que está esculpida una custodia, recordándonos el privilegio de esta sede de tener exposición permanente del Santísimo, y justo encima del escudo, la constatación de que estas piezas formaban parte del retablo del altar mayor: es bien visible un hueco circular, que contendría el Santísimo para su exposición pública día y noche.

Las escenas que están expuestas representan, de abajo hacia arriba y de izquierda a derecha:

• La Anunciación, la Natividad y la Adoración de los pastores.
• La Epifanía o adoración de los Magos, el nacimiento de la Virgen y el Bautismo de Cristo.

En la cima del conjunto destaca la imagen de la Virgen con el Niño en su brazo derecho en actitud de ser coronada por los ángeles. Porque para que haya niño, tiene que haber Madre. Dios elige a una muchacha para que, por el poder del Espíritu, el Verbo se haga carne y habite entre nosotros.